Otro aspecto del carisma franciscano es el Encuentro con Dios, o dicho con otras palabras la Oración.

Francisco, descubrió a Dios en la oración, tal vez inconsciente en la prisión de Perugia; se encontró con Dios en la ermita de San Damián; y reconoció el estilo de vida de su vocación orando en la iglesia y abriendo el  Evangelio.

Por eso Francisco da una importancia vital al encuentro personal con Dios. Por eso, en la Regla, pide a "los hermanos que… (el trabajo...) no apaguen el espíritu de la santa oración y devoción, al cual deben servir las demás cosas temporales." (2R 5,2).

Nada de nada, especialmente el trabajo u otras ocupaciones tiene que perturbar la oración personal y comunitaria, pues en ella se fundamenta y desarrolla nuestra vocación. Todo lo que haga tiene que favorecer este encuentro personal con Dios, de lo contrario no tiene sentido nuestra vida.

Esto para Francisco era esencial y su ejemplo lo atestiguaba, pues era tan frecuente los momentos de intensa oración que se dice de el que era “un hombre hecho oración”. Sabía que para poder ser fiel a su propia vocación tenía que orar mucho; sabía que para poder predicar el Evangelio, primero tenía que estar lleno de Dios, y para eso la oración era el mejor medio. La activad apostólica no está reñida con la oración, al contrario se complementan y necesitan. Francisco quería más orar que predicar, pero Dios le hizo ver que lo llamaba para predicar, y para ello tenía que estar antes lleno de Dios.